El hombre utiliza microorganismos (bacterias, hongos y levaduras) para la producción de alimentos desde tiempos remotos. Procesos como la producción de pan, salamines, cerveza, vino, queso y yogur implican el uso de bacterias o levaduras. Éstas se utilizan con el fin de convertir un producto natural como la leche o el jugo de uvas, en un producto de fermentación más apetecible como el yogur o el vino.
Mediante la ingeniería genética se pueden desarrollar bacterias y levaduras utilizables en la fabricación de alimentos y modificarles su genoma, introduciéndoles nuevas características. Por ejemplo, se están diseñando bacterias lácticas recombinantes resistentes a bacteriófagos (virus que atacan a las bacterias), que las destruyen e impiden el proceso normal de maduración del queso o lo hacen lento e ineficiente. Otro ejemplo lo constituye el diseño de bacterias que puedan usar como fuente de carbono, desechos de industrias, como el lactosuero procedente de las queserías, haciendo más rentable el proceso de producción industria
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